日本キューバ友好協会は、キューバ革命から4年後、1963年に設立された両国の国民・市民レベルの相互理解・友好団体です。キューバは、人口1127万人、1人当たり年間GDPが2800ドル（2002年）に満たない小国ですが、豊かな文化と楽天的な国民性と平等的な生活保障・医療保障システムをもち、超大国米国に対して自主・独立の立場を敢然として守っています。このためにブッシュ政権は、キューバ敵対政策を異常に強化していますが、私たちは、キューバ国民の真の友として、このようなキューバ敵対政策に抗議し、いっそう広い範囲での相互理解・友好の活動を強めたいと思っています。なんらかの点でキューバに愛着を抱き、当協会の趣旨に賛同される大勢の方々のご参加をお待ちしています。
日本キューバ友好協会は、「日本キューバ両国民の相互理解と友好を深め、あわせて相互の繁栄を願い、世界平和に寄与すること（規約第２条）」を目的として、1963年2月16日に創立されました。それは、キューバで新しく生まれた真に民主的な政府と、それを支持するキューバ国民にたいし、「北方の巨人」アメリカ合衆国の支配層が敵対的姿勢を強めたときでした。
61年1月に米政府は、キューバとの国交を断絶しました。4月16日にフィデル･カストロは予想される米傭兵軍のキューバ侵攻を前にして、国民の意思を体して「革命の社会主義的性格」を宣言しました。翌１７日、米政府は、キューバを壊滅させる目的で1500名の傭兵をプラヤヒロンに侵攻させましたが、キューバ国民の断固たる反撃を受けて撃退されました。
こうした状況の中で、民主的な社会建設をすすめるキューバ国民の自主的な努力にたいする米国政府の干渉行為に抗議して、世界中でキューバ革命支持、キューバの民族主権の尊重を掲げて（クーバ・シー、ヤンキー・ノー）、世界の各地で運動が展開しました。日本キューバ友好協会は、こうした内外の情勢の中で創立されました。キューバ諸国民友好協会（ICAP）の記録では、世界で最初に設立されたキューバ国民との友好組織です。
創立以来の日本キューバ友好協会の活動は、「日本キューバ友好協会年表－40年略史」をご覧ください。